退缴税制度不完善
1.税收存在的难点
由于税收涉及了物流、跨境、海关等多个流程，所有部门的信息无法做到实时共享，“双循环”背景下的国际经济循环也受到限制，考虑到各个流程的不确定性及意外概率，税收监管部门的责任及监管难度大大提升。国内消费者通过跨境电商平台只需支付小部分的邮税即可。除此之外，一些跨境企业或是小额的出口贸易经常会借助样品或是广告宣传品及利用个人邮政免税政策来。另外，企业选择征税需要花销一笔成本，且成本较高，给多数浙江跨境企业带来了税收负担。
2.退税存在的难点
进出口退税指的是各国对于出口货物在国内的生产和流通环节实际缴纳的增值税和特殊消费税。目前跨境电商企业一般只是涉及退还增值税。事实上，在跨境电商企业中，大多数商企并未申请过出口退税，一是浙江跨境电商企业多是选择零售的B2C模式且选择快件方式的中小型企业，导致浙江跨境企业多半无法提供报关单，大部分跨境卖家是无法享受出口退税政策。二是由于跨境电商企业出货太多，出单量高，SKU多，且供应商的发票取得过程麻烦，出口退税的操作复杂，很多企业未申请出口退税。
（三）供需匹配失衡及创新不足
受到国际市场外部环境变化的影响，海外消费者的消费习惯及消费理念有了明显的改变，企业销售产品及供应链持续僵化。一方面，人们囤积食物等生活必需品，导致食品等商品需求暴涨;另一方面，海外仓或者商店囤积的大量非必须商品被大批处理，员工失业加重了供需匹配失衡。由于跨境电商进出口比率严重失调，出口占比远大于进口占比，这对浙江跨境电商发展造成极大的影响。其次，为保持跨境销售，大多工厂和企业将持续生产，或者裁员减少成本，一部分会选择创新及参与科技竞争，应用新的科技成果渡过难关。但新产品从研发到生产是一个系统的流程，需要配套的技能体系和研究资源。对科技研发部门而言，失去了研发产品及科技创新的能力，会使跨境企业内部陷入恶性循环。
（四）跨境交易支付方式复杂
近年来，随着电子商务突破国界，衍生出很多新的跨境交易支付方式。目前跨境的支付方式包括线上和线下，其中主流的跨境交易支付方式有国际信用卡、Cashpay、Payoneer和PayPal等。这些主流的支付方式也存在一定的弊端，如国际信用卡虽然信用度高，但是一旦出现问题，或者操作失误，资料泄露会给跨境贸易双方带来巨大损失;PayPal推崇的是买家利益大化，即消费者利益大于卖家利益，交易过程中所产生的交易费用主要由卖家承担，对买家过度保护，其中，电汇费用不仅包括每笔交易的手续费，还包括交易支付的处理费，成本较高，此外PayPal账户容易被冻结，商家利益易受损失。此外，跨境电商网上支付是在虚拟平台上进行交易，若不法分子利用电子技术来盗取客户信息并大量泄露，会降低跨境客户和卖家对网络交易的信任度与安全感。
