医疗器械独立软件和软件组件在多个方面存在差异：
应用载体：独立软件通常基于通用或专用数据接口与多个医疗器械联合使用，如医学图像处理软件、患者监护软件等。而软件组件则是作为医疗器械或其部件、附件的组成部分，需随医疗器械进行整体注册，例如心电图机、脑电图机所含的嵌入式软件（即固件）。
注册要求：独立软件应当单独注册，而软件组件则需随医疗器械进行注册。对于专用型独立软件，除单独注册外，也可作为附件随医疗器械进行注册，此时视为软件组件。
特征要求：独立软件应具备一个或多个医疗用途，无需医疗器械硬件即可完成预期用途，且运行于通用计算平台。而软件组件应具备一个或多个医疗用途，控制（驱动）医疗器械硬件，且运行于专用（医用）计算平台。
关于医疗器械许可证的办理流程，可以参考以下步骤：
了解相关法律法规：在办理医疗器械经营许可证之前，需要对相关的法律法规有一定的了解。
准备申请资料：需要准备相关的申请资料，包括企业资质、生产场所、技术文件、质量管理体系、人员配备、设备设施、生产能力等方面的证明材料。
提交申请：将准备好的申请资料提交给所在地的省级药品监督管理部门。
现场评估：审评员会对公司进行现场评估，评估主要包括工厂规模、工艺装备、人员数量、质量管理制度和批准的医疗器械产品等方面的考察。
审批：经过现场评估后，审评员会对申请进行审批。如果审批通过，将收到医疗器械经营许可证。