医疗器械独立软件和软件组件在独立性和运行平台方面存在明显差异。
独立软件是一种能够独立运行于通用计算平台的软件，具有一个或多个医疗目的或用途，无需依赖医疗器械硬件即可实现预期功能，具有独立的功能性和完整性，可以单独实现特定的医疗任务或辅助医疗过程。这种软件具有更高的独立性和完整性，可以独立完成特定的医疗任务或辅助医疗过程。根据运行平台的不同，独立软件可分为通用型和专用型两类。通用型独立软件通常基于通用数据接口与多个医疗器械联合使用，例如医学图像处理软件和患者监护软件。专用型独立软件则基于通用或专用数据接口与特定医疗器械联合使用，可以视为医疗器械附件，例如动态心电数据分析软件和眼科显微镜图像处理软件。
软件组件是指具有一个或多个医疗目的或用途的软件，用于控制或驱动医疗器械硬件，或运行于医用计算平台。医用计算平台符合医用电气设备、实验室用电气设备或有源植入式医疗器械等安全要求（含电磁兼容）。医用计算平台可以与通用计算平台联合使用，构成一个系统，整体视为医用计算平台。根据运行平台的不同，软件组件可分为内嵌型和外控型两类。内嵌型软件组件运行于医用计算平台，控制或驱动医疗器械硬件，例如心电图机、脑电图机所含的嵌入式软件（即固件）。外控型软件组件则运行于通用计算平台，同样用于控制或驱动医疗器械硬件，例如CT、MRI图像采集工作站软件。软件组件需要集成到一个软件程序中才能发挥作用，相对缺乏独立性。
总的来说，医疗器械独立软件和软件组件在独立性和运行平台方面存在明显差异。独立软件具有更高的独立性和完整性，可以独立完成特定的医疗任务或辅助医疗过程；而软件组件则需要集成到一个软件程序中才能发挥作用，相对缺乏独立性。同时，独立软件可以分为通用型和专用型两类，而软件组件则可以分为内嵌型和外控型两类，这也有助于区分两者。
关于三类医疗器械许可证申请流程如下：
提交申请：申请人向行政受理服务中心提出申请，按照规定要求提交申请资料。
受理：相关部门对申请人的申请进行受理。
审查：对申请资料进行审查，包括资料审查、实地勘察和产品审核等环节。
审核批准：经审查通过后，准予颁发三类医疗器械许可证。
送达：自行政许可决定作出之日起10日内，将行政许可决定送达申请人。