微生物限度检测的采样频率和位置需结合行业规范、风险等级及生产实际确定，以下是具体说明：
采样频率的确定
基于风险等级：
高风险区域：如无菌生产的核心区域、关键控制点（如灌装针、胶塞筒、传输带），可能需每周甚至每天监测。
中风险区域：如一般生产区、设备外表面，可每周或每两周监测一次。
低风险区域：如仓库、非生产辅助区，可每月或每季度监测一次。
基于产品类型：
终端灭菌产品：产品接触区域每周一次，非产品接触区域两周一次。
无菌医用装置：产品接触区域两周一次，非产品接触区域三周一次。
基于特殊情况：
怀疑污染时：应立即增加监测频率，如对超出目标值的区域或设备进行更频繁的取样。
系统变更后：制药用水系统初次投入使用、进行重大维修或改造后，需增加监测频率，前两周每天检测所有指标，后续根据验证情况调整。
采样位置的确定
空气采样：
沉降菌法：在工作区采样点位置离地0.8m~1.5m左右（略高于工作面）布置培养皿，如室内面积不超过30m²，在对角线上设里、中、外三点，里、外点位置距墙1m；室内面积超过30m²，设东、西、南、北、中5点，周围4点距墙1m。
浮游菌法：利用空气采样器主动抽取空气，使微生物撞击到培养基上进行培养计数，取样点一般布置在距离地面或操作平台的高度为0.8~1.5m之间，避免在回风口附近取样（距离1m以上），测试人员应站在取样口的下风侧。
表面采样：
设备表面：包括灌装针、易与人员接触的塑料帘膜、胶塞筒、传输带等关键部位。
环境表面：包括门、门把手、地板（至少两点）、墙壁（不易被清洁/消毒的部位，至少两点）、公用介质的管路（不易被清洁/消毒部位）等。
人员相关：包括手套、操作服的易遭污染部位、鞋套，有时还包括头罩和口罩。
制药用水采样：
注射用水：细菌内毒素的检测至关重要，一般要求每1ml中内毒素的量应小于0.25EU，微生物限度和细菌内毒素检测应每天进行。
纯化水：微生物限度检测至少每周进行一次，化学指标如重金属、氯化物等可每月进行一次全面检测。
饮用水：作为制药用水水源的饮用水，每日应监测其酸碱度、余氯含量等基本指标，每周至少进行一次全面的微生物限度检测，以及电导率、重金属等化学指标的抽检。