企业支付宝直付通开通二级商户的具体流程如下：
平台签约直付通：企业需先满足开通直付通的条件，包括拥有完成实名认证的企业支付宝主账号，公司类型营业执照的注册资本不少于500 万人民币，拥有与支付宝账户主体一致的 APP /手机网站（需要同主体备案域名），建议使用全新的支付宝账号进行申办，且所认证的企业支付宝的企业主体及账号不能有任何违法、违规记录。登录支付宝服务商后台，找到 “使用概况” 页面，点击 “解决方案列表” 的入口，选择“互联网渠道直付通解决方案”，确认并加签，设置好加签方式后提交审阅，申请通过审阅后进行签约，签约完成后等待 3-5个工作日查看审核状态.
二级商户进件：平台通过直付通提供的接口将商户进件为支付宝的二级商户，提交商户信息，包括商户信息、商户证件、法人证件、结算信息四部分内容。其中商户信息还需添加商户联系信息、商户站点信息、商户行业资质、商户经营地址；结算信息还需添加结算银行卡、默认结算规则、商户开票资料等.
商户签署协议：二级商户签署协议的通知将发送到商户进件时上送的商户联系人的邮箱或手机（短信），否则将默认通知到支付宝账号本身的绑定邮箱或手机(短信)，商户按照通知要求完成支付宝收单结算协议签署.
平台发起结算：买家下单购买商品之后，支付宝记录二级商户的待结算资金；二级商户发货，买家确认收货后，平台发起确认结算请求，交易资金结算到商户的结算账户中.
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