S7-1200CPU的指令分为以下几部分：基本指令、扩展指令、工艺指令、通信指令。基本指令涵盖位逻辑运算，数学运算，比较，块移动等，扩展指令涵盖时间指令、字符串指令、诊断指令、配方与数据记录指令等。
S7-1200CPU支持的编程语言包含梯形图（LAD）、功能块图（FBD）以及结构化控制语言（SCL），而LAD和FBD表现形式非常类似。
位逻辑运算
使用位逻辑运算指令，可以实现基本的位逻辑的操作，包括常开、常闭、置位、复位，沿指令等。
计数器操作
S7-1200 CPU的计数器为IEC计数器，用户程序中可以使用的计数器数量仅受CPU的存储器容量限制。
S7-1200 CPU的计数器包含3种计数器：加计数器、减计数器、加减计数器，对于每种计数器，计数值可以是任何整数数据类型，并且需要使用每种整数对应的数据类型的DB结构或背景数据块来存储计数器数据。
定时器操作
S7-1200 CPU的定时器为IEC定时器，用户程序中可以使用的定时器数量仅仅受CPU的存储器容量限制。
使用定时器需要使用定时器相关的背景数据块或者数据类型为IEC_TIMER的DB块变量。S7-1200 CPU包含4种定时器：生成脉冲定时器、接通延时定时器、关断延时定时器以及时间累加器，还有复位和加载定时器持续时间的指令。
比较操作
比较操作指令主要用于数值的比较以及数据类型的比较。
数学函数
数学函数功能，用于实现基本的加减乘除、指数、三角函数等功能。
移动操作
移动操作指令主要用于各种数据的移动、相同数据的不同排列的转换，以及实现S7-1200 CPU的间接寻址功能部分的移动操作。
程序控制指令
程序控制指令包含程序跳转、程序退出、SCL的主要控制语句、错误处理等指令。
字逻辑运算
字逻辑运算主要用于实现位序列的与、或、异或等功能。
移位和循环
移位和循环指令主要用于实现位序列的左右移动或者循环移动等功能。