医疗器械备案和注册的费用差别是比较大的。
从注册费用来看，不同类别的医疗器械注册费用有所不同。例如，进口第二类医疗器械注册费用为210900元，变更和延续注册费用分别为42000元和40800元。而进口和国产第三类医疗器械注册费用则更高，分别为308800元和153600元，且还需要额外支付临床试验申请费用。
从备案费用来看，具体的备案费用可能因地区、服务商和所需服务的差异而有所不同，但一般来说，备案的费用相对较低。例如，代办二类医疗器械备案的费用大致在2000元至5000元之间，具体取决于地区、服务商和所需服务的差异。
还需要注意的是，除了注册和备案费用外，注册医疗器械公司本身也需要一定的费用。这包括注册资金、办理营业执照、组织机构代码证和税务证等证件的费用，以及刻章费用等。这些费用也会因公司类型和注册资金的不同而有所差异。
医疗器械备案和注册的费用差别是比较大的。企业在选择进行备案还是注册时，除了考虑产品的特性、风险程度和市场策略外，还需要充分考虑费用因素。