是的，企业在生产食品和化妆品时，需要分别申请食品生产许可证和化妆品生产许可证。
这是因为食品生产和化妆品生产分别受到不同的法规和标准的监管。食品生产许可证的办理需要满足一系列与食品安全、卫生、设备设施等相关的条件，并经过zhengfubumen的审核和现场核查。而化妆品生产许可证的办理则需要满足与化妆品生产相适应的生产条件、技术人员、检验设备和质量管理制度等要求。
企业从事食品和化妆品的生产活动，也需要分别按照相应的规定和流程申请这两种许可证，以确保其生产活动符合法规要求，保障产品的质量和安全。