面对食品生产许可证办理过程中现场核查不合格的情况，应采取以下措施进行应对：
1. 详细了解核查结果：首先，要认真阅读核查报告，了解不合格的具体内容和原因。
2. 制定整改计划：根据核查结果，针对存在的问题制定详细的整改方案和时间表。整改措施应具体、可行，并建议责任人。
3. 立即整改：对于能够迅速解决的问题，应立即着手整改。对于需要一定时间整改的问题，也应尽快开始实施。
4. 加强培训：对员工进行相关法律法规和操作规程的培训，提高他们的食品安全意识和操作技能。
5. 完善管理制度：根据核查中发现的问题，修订和完善企业的食品安全管理制度和操作流程。
6. 加强内部监控：增强内部自检自查力度，定期对生产过程进行监控，各项标准得到有效执行。
7. 保存整改证据：整改过程中应详细记录，保存相关的整改证据，如购买新设备的凭证、员工培训记录、管理制度的修订文件等。
8. 重新申请核查：整改完成后，向原核查部门提出复查申请，请求重新进行现场核查。
9. 持续改进：即使通过了现场核查，也应持续关注生产过程中的食品安全问题，不断进行改进和优化。
重要的是，企业应认真对待现场核查中提出的每一个问题，不仅要短期内解决问题以通过核查，更要长期坚持食品安全管理，以食品质量和消费者健康。
