二联供系统在安装家用空调时存在一定的缺点，是安装费用较高，主要是因为其设备和系统的复杂性。除了基础的设备购置费，还需考虑空调维修费、人工安装费、管道保温费等额外的费用。对于不同建筑和环境的要求，二联供系统需要特定的设备和设计，可能存在对某些建筑或环境不适应的情况。二联供系统并不适合所有家庭使用。
二联供系统缺点
在北方，家家户户都需要采暖，学校自然也不例外。以前，为了节省成本，采暖方式以燃煤锅炉居多。如今，在节能减排的大环境下，高污染的采暖方式被禁止使用，燃煤锅炉逐渐退出的历史的舞台。在此情况下，空气能冷暖两联供获得了良好的发展契机，被快速应用到学校、酒店、、宾馆、工厂以及养殖领域。
空调和空气能热泵都需要用电才能运行，但在安全性上又有不同。在制冷时，空调的制冷剂（氟利昂）需要进入室内，万一出现管道泄漏，必然影响室内的空气，对有着健康威胁，而空气能热泵管道中只有水在循环，即便漏水也只是打湿吊顶，不会产生有毒的气体，更不会影响身体健康。在制热时，空调的制冷剂依旧要进入室内，有着渗漏的隐患，风机盘管需要电力驱动，尤其是风机盘管中有着电辅热功能的室内机，增大了漏电、触电的隐患，而空气能热泵制热时采用地暖或者暖气片，室内也只有水进入房间，目前的安装技术下很少出现漏水的隐患，在热泵主机位置有着成熟且安全的水电分离技术支持，电不进入室内，也就不会带来漏电和触电的隐患。
空调和空气能热泵都需要用电才能运行，但在安全性上又有不同。在制冷时，空调的制冷剂（氟利昂）需要进入室内，万一出现管道泄漏，必然影响室内的空气，对有着健康威胁，而空气能热泵管道中只有水在循环，即便漏水也只是打湿吊顶，不会产生有毒的气体，更不会影响身体健康。在制热时，空调的制冷剂依旧要进入室内，有着渗漏的隐患，风机盘管需要电力驱动，尤其是风机盘管中有着电辅热功能的室内机，增大了漏电、触电的隐患，而空气能热泵制热时采用地暖或者暖气片，室内也只有水进入房间，目前的安装技术下很少出现漏水的隐患，在热泵主机位置有着成熟且安全的水电分离技术支持，电不进入室内，也就不会带来漏电和触电的隐患。