慈溪同品种医疗器械比对项目包括以下几个方面：
产品名称、规格型号：比对申请注册的医疗器械产品名称、规格型号是否与已注册的同品种医疗器械一致，是否符合命名规则。
产品质量：比对申请注册的医疗器械产品质量是否符合相关标准、技术规范要求，是否符合安全、有效性要求。
生产工艺和材料：比对申请注册的医疗器械产品的生产工艺和材料是否与已注册的同品种医疗器械一致，是否符合相关规定。
临床试验：比对申请注册的医疗器械产品的临床试验方案、临床试验报告等资料是否符合相关规定，是否与已注册的同品种医疗器械一致。
说明书和标签：比对申请注册的医疗器械产品的说明书和标签是否与已注册的同品种医疗器械一致，是否符合相关规定。
办理慈溪三类医疗器械许可证的申请流程如下：
申请人需要准备以下材料：企业法定代表人或企业负责人的身份证明；经营场所的产权证明或租赁协议；企业营业执照；以及其它相关证明材料。
申请人向所在地设区的市级食品药品监督管理部门提出申请，并提交相关材料。
设区的市级食品药品监督管理部门对申请进行初步审查，并自受理申请之日起20个工作日内作出是否准予许可的决定。
符合条件的，予以许可，并自作出决定之日起10个工作日内颁发《医疗器械经营许可证》；不符合条件的，不予许可，并书面说明理由。