在日本准备睫毛底膏的注册申请文件需要遵循特定的法规和标准。以下是通常准备申请文件的步骤：
1. 了解法规：首先，要深入了解日本的化妆品法规和标准，以确保你的产品满足所有相关要求。
2. 成分列表：列出你的睫毛底膏的成分，包括活性成分、防腐剂、香料和任何其他成分。确保成分符合相关法规和标准。
3. 包装标签信息：准备产品的包装标签和标识信息，包括产品名称、生产商信息、成分列表、使用方法、预期效果等。这些信息必须以日文提供。
4. 安全性评估：进行安全性评估，包括眼睛和皮肤刺激性测试。确保产品对使用者的安全。
5. 质量控制：提供产品的质量控制信息，包括生产工艺、生产设施、质量控制措施等。确保产品的质量。
6. GMP遵从：提供生产设施符合良好制造规范（Good Manufacturing Practices，GMP）的证明和相关信息。
7. 功效数据（如适用）：如果你的睫毛底膏宣传具有某种特定功效，需要提供相关的功效数据和测试结果。
8. 不良事件报告：建立和提交不良事件报告系统，以及在发生不良事件时按法规要求报告。
9. 产品注册申请：准备产品注册申请文件，包括产品的详细描述、用途、成分、生产工艺、品质控制方法等。
10. 伦理委员会批准（如适用）：在某些情况下，可能需要伦理委员会的批准，特别是在进行临床试验或使用特定的成分时。
11. 紧急召回计划：建立和提交紧急召回计划，以应对可能的产品召回情况。
一旦你准备好这些文件，你可以提交申请给日本厚生劳动省或相关监管机构。请注意，具体的要求和流程可能因产品类型和法规变化而有所不同。