1、纸质档案的不易篡改性和丢失性。电子档案对于电脑高手或者可以接触到档案的相关人员来说是极其容易侵入并且进行篡改的，电子档案篡改后不留痕迹，是非常难以被发现和识别的。纸质档案不容易被篡改，被篡改后会留下相应的痕迹，是非常容易被发现和辨别的。纸质的档案具有独yi无二性，可以通过字迹等来进行相应的辨别。同样，一份历经时间越久的档案也就显得愈加珍贵。
电子档案的不稳定性更加明显，遇到计算机病毒或者计算机故障的情况，如果没有及时备份是十分严重的。保存电子档案的U盘、光盘、磁盘一旦受到外界强磁干扰，或因存储库房的温湿度的变化，都会导致档案内容的丢失和损坏。电子档案的查阅需要计算机等相关的设备和知识，而纸质档案方便快捷。电子档案的容易篡改性、拷贝性使得它的真实性容易受到质疑，相比纸质档案更有说服力。