区分冷饮杯和热饮纸杯。它们“各司其职”，一旦“错位”，就会威胁到消费者的健康。冷饮纸杯的表面要经过喷蜡或浸蜡处理,在0-5度之间时,这种蜡是非常安全,但如果用来装热饮,只要水的温度超过62度,蜡就融化,纸杯会吸水变形.融化后的石蜡杂质含量高,特别是它里面含有的多环芬泾有机化合物是种可能致癌的物质,随饮料进入人体,会危害人的健康.而热饮纸杯的表面会黏贴一层国家认可的特殊薄膜,不仅耐热性好,而且无毒害.纸杯应贮存在通风、阴凉、干燥及无污染的空间内，贮存期从生产日期起一般不要超过3年。
原材料上，为避免有毒溶剂的产生，国标规定，纸杯不应有异味，不应使用回收材料，原材料使用的添加剂应符合规定，荧光增白剂、工业石蜡、工业滑石粉等不在GB9685范围内的添加剂不能用于生产加工纸杯。
这意味着，“即使是车间受污染的边角料也不得用于纸杯原纸的生产加工，所有的原材料、添加剂都应满足食品包装级的要求，不能人为添加荧光增白剂。”并鼓励使用水性油墨、紫外光固化油墨、植物油油墨等节能环保型油墨生产纸杯。
另外，标准对纸杯挺度和渗透性能也有规定，纸杯的底部和侧面均不应漏水、渗水，如果纸杯太软，也不达标。纸杯的所有包装材料要有足够的密封性和牢固性，纸杯包装应防尘、防潮或防霉。
一些食品公司开始将聚乙烯涂在纸板上，以增加纸包装阻隔性和密封性。由于聚乙烯的熔点大大高于蜡质，采用这种材料涂布的新型饮料纸杯，能理想地用以盛载热饮料，解决了因涂布材料融化而影响产品质量的问题。同时，聚乙烯涂料比原先的蜡涂料平滑，改进了纸杯的外观。此外，其加工工艺亦比采用乳胶涂布的方法更为便宜、快捷。